新生兒抽搐由于中樞神經系統異常放電引起，但這種異常放電可能有許多原發性顱內的一些病變，像顱內出血，有腫瘤、腦膜炎或腦血管意外、腦炎等引起。另外缺氧缺血引起的驚厥，常發生在分娩前、分娩時或分娩后，并在伴有呼吸窘迫綜合癥的早產兒中發生。另外繼發于全身性或代謝性疾病。像低血糖，在糖尿病母親的新生兒，小于胎齡兒和有缺氧缺血及其他新生兒較常見。低血鈣和低血糖一樣可能沒有癥狀。低血鈣常在早產兒及難產兒中有關。低血鎂不常見，但當血鎂低于一點四毫摩爾每升時也能引起驚厥。低血鎂常與低血鈣有關。高鈉血癥或低鈉血癥，先天性代謝性疾病與氨基酸或有機酸代謝障礙也可導致驚厥；感染可引起驚厥，像革蘭氏陰性菌引起新生兒顱內或全身性感染、巨細胞病毒或單純皰疹病毒、梅毒螺旋體和古菌蟲造成的中樞神經系統感染，也可引起驚厥。其他原因引起的驚厥診斷可能較困難，但要積極尋找這些原因。還有一些產傷或是撤藥綜合征引起的中樞神經系統畸形；母親濫用一些藥物，像可卡因或是海洛因引起的驚厥也很常見。新生兒生后，因為發生急性的撤藥綜合征而導致的驚厥；維生素B6缺乏或是維生素B6依賴的新生兒驚厥，這種是罕見的。但是這個病很容易治療，補充維生素B6就可以。